「昨日ジョンと電話で話しました」
↓
「I talked to John by the phone yesterday.」

で正んでしょうか？

正解　→　「I talked to John on the phone yesterday.」

「電話で」という表現から「by the phone」を使いたくなりますが「（人と）電話で話す」は「talk on the phone」もしくは「talk over the phone」セットのフレーズで覚えましょう。
最近ではスカイプやLineで連絡を取りますよね？この場合も：

・I talked to her on Skype.
（彼女とスカイプで話しました）
・I talked to Steve on Line today.
（今日、スティーブとラインで話しました）

「Talk on Skype/Line」を使います。「Skype」と「Line」は「the」は必要ないので注意してください。